扬州大学兽医学院（比较医学研究院）具有悠久的办学历史，最早可追朔到1902年由我国爱国实业家张謇创建的通海农学堂，1952年在扬州组建而成苏北农学院畜牧兽医系。追溯历史，已经历了110余年的演变和发展过程，在扬州办学也有60余年。1992年，江苏农学院等驻扬7所院校合并成立了扬州大学，该系更名为扬州大学农学院畜牧兽医系，1994年该系分设成动物科学系和动物医学系，1998年扬州大学依据学科群将动物科学系和动物医学系两系从农学院中划出，组建为扬州大学畜牧兽医学院，2003年12月扬州大学进行机构改革和院系调整，将畜牧兽医学院分设成动物科学与技术学院和兽医学院，扬州大学兽医学院正式成立。扬州大学比较医学研究院于2016年4月成立，挂靠在扬州大学兽医学院。

兽医学博士后流动站现有中国工程院院士1人、国家“杰青”获得者1人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选1人，国家“千人计划”入选者1人.教授42人、副教授29人，博士生导师32人,具有博士学位的91人。有1人被评为“全国模范教师”，1人获“国家级有突出贡献的中青年专家”称号，2人享受政府特殊津贴，青年教师中有教育部青年骨干教师、江苏省“333工程”培养对象、江苏省特聘教授、江苏省优秀青年骨干教师、江苏省“青蓝工程”学术带头人、江苏省优秀青年科技工作者等。

现有兽医学一级学科博士学位授予权，设基础兽医学、预防兽医学、临床兽医学、兽医生物信息学、人兽共患病学等二级学科博士学位授权点，有兽医博士专业学位授予权，并设有兽医学博士后流动站。预防兽医学为国家、农业部重点学科，兽医学为江苏省重点一级学科（覆盖基础兽医学、预防兽医学、临床兽医学三个二级学科）、江苏省一级学科国家重点学科培育建设点、江苏高校优势学科建设工程建设学科，微生物学和动物学为扬州大学重点学科。拥有江苏省产学研联合培养研究生示范基地。传染病学与预防兽医学学科被教育部、科技部联合表彰为“全国高等学校先进科技集体”，预防兽医学学科被人事部、教育部授予“全国教育系统先进集体”荣誉称号，动物疫病研究创新团队被评为教育部“长江学者和创新团队发展计划”创新团队，预防兽医学创新团队被评为江苏省“青蓝工程”科技创新团队。

学院设有农业部畜禽传染病学重点开放实验室、教育部禽类预防医学省部共建重点实验室、江苏省动物预防医学重点实验室、江苏省人兽共患病学重点实验室、教育部新型兽用疫苗工程研究中心、江苏省转基因动物制药工程研究中心和江苏省实验动物种子供应站。兽医药理及毒理学实验室被农业部确定为4个全国新兽药特殊毒性试验单位之一，学院被农业部确定为饲料和饲料添加剂安全性评价机构。2000年基础实验室通过省级评估，2001年动物医学专业实验室也以优良成绩通过学校的评估。